生物标志物通常在癌症管理过程中用于指导治疗决策和预测患者预后。然而，通常很难确定合适的生物标志物，这些生物标志物可以始终如一地复制，并且很容易用有限的患者样本进行分析。在 5 月 1 日《癌症研究》杂志封面上的一项新研究中，莫菲特癌症中心的研究人员报告了他们基于一种称为甲基化的基因修饰来识别生物标志物，这种基因修饰可以预测肿瘤免疫环境的类型和患者的预后。
基因受到可以促进或阻止其表达的特定修饰的高度调节。一种称为甲基化的表观遗传修饰涉及将甲基化学基团连接到基因的特定区域。通常，基因启动子区域的甲基化水平较高往往与较低的基因表达水平相关。最近，研究表明遗传甲基化模式可能是潜在的生物标志物。使用甲基化作为生物标志物与常用的基因表达生物标志物相比具有几个优点，包括使其易于在临床环境中使用的可重复性和稳定性，不同测试技术之间的差异较小，并且能够使用冷冻或固定在甲醛中并包埋在石蜡中的组织样本。
目前，溶细胞活性评分是一种成熟的生物标志物，可根据基因表达预测肿瘤浸润淋巴细胞的存在。肿瘤浸润淋巴细胞是一种已从血液中移出并进入肿瘤的免疫细胞。肿瘤中大量肿瘤浸润淋巴细胞的存在通常与患者预后的改善有关。溶细胞活性评分通过测量基因表达模式来预测肿瘤浸润淋巴细胞的存在，特别是细胞毒性 T 细胞。
在他们的研究中，Moffitt 研究人员希望找到比常用生物标志物更好的生物标志物，例如溶细胞活性评分(用于识别热/冷肿瘤)。他们提出了基于肿瘤的表达数量性状甲基化的概念，该概念将基因甲基化模式与基因表达相关联，以识别潜在的生物标志物。研究人员将黑色素瘤作为一种疾病模型进行了研究，并评估了他们是否可以识别出一种特定的甲基化特征，该特征可以预测肿瘤的免疫环境和患者的预后。
研究小组发现，黑色素瘤样本中的甲基化序列可以作为细胞溶解活性评分的替代生物标志物，并预测肿瘤中免疫环境的类型。通过进行更有针对性的分析，他们确定称为 TCF7 的单个基因的甲基化可以预测肿瘤中的 T 细胞是否具有抗肿瘤特性，并且他们发现 TCF7 特征与溶细胞活性评分相结合可以预测患者的预后。具体而言，具有低 TCF7 特征和高溶细胞活性评分的黑色素瘤患者比其他特征组合具有更长的生存期。研究人员证实了其他肿瘤类型(包括肾癌、食管癌、神经胶质瘤、肉瘤和肺癌)中低 TCF7/高溶细胞活性评分之间的关联.此外，研究人员确定 TCF7 签名可以独立于其他变量预测患者结果。
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