今天发表在 eLife 上的一项研究表明，免疫 T 细胞上病原体识别蛋白的分组可能是确定某人过去是否感染过的关键。
虽然测量针对病原体的抗体的测试通常用于检测先前感染的迹象，但研究人员更难测量一个人对感染或疫苗接种的 T 细胞反应的强度和目标，但这些发现暗示了一个潜在的新方法。有一天，这些患者信息可能有助于检测感染、指导治疗或支持新疗法和疫苗的研发。
免疫 T 细胞帮助身体发现并消灭有害病毒和细菌。T 细胞外表面的蛋白质(称为受体)使 T 细胞能够识别并清除已被特定病原体感染的人类细胞。
“虽然大量的特定受体可以提供有关过去感染的线索，但 T 细胞受体的巨大分子多样性使得评估哪些受体识别哪些病原体变得非常具有挑战性。不仅每种病原体都被一组不同的受体识别，而且每个人都会为每种病原体开发一组个性化的受体，”第一作者、美国华盛顿州西雅图市 Fred Hutchinson 癌症研究中心的高级数据科学家 Koshlan Mayer-Blackwell 解释说.“我们开发了一种新的计算方法，使我们能够发现个体病原体特异性 T 细胞受体之间的相似性。最终，尽管 T 细胞受体具有巨大的多样性，但我们希望这将有助于形成过去感染的特征。”
该团队使用来自 患者 T 细胞受体的免疫 RACE 研究的数据测试了他们的方法。使用他们的新软件快速比较大量受体，他们能够根据受体氨基酸序列的相似性生成 1,831 个 T 细胞受体组，表明它们具有相似的功能。
在一个独立的 患者组中，该团队发现与受体分组相关的常见分子模式比以前假设识别 SARS-CoV-2 病毒部分的单个受体序列更可靠地检测到，证明了重大改进关于现有方法。
“我们的研究引入并验证了一种灵活的方法来识别相似的 T 细胞受体组，我们希望这对研究 T 细胞免疫的科学家有广泛的用处，”Mayer-Blackwell 说。“以这种方式将受体分组在一起，可以比较不同人群对感染或疫苗接种的反应。”
为了帮助其他研究人员使用这种方法利用他们自己的数据开发 T 细胞生物标志物，该团队创建了名为 tcrdist3 的免费可定制软件。
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