抗生素已被证明是一把双刃剑：能够杀死一系列引起感染的细菌，但也会耗尽我们的肠道微生物，损害我们的免疫系统，并增加被超级细菌感染的可能性。从抗生素对身体的积极和消极影响中吸取的教训正在确定新的方法来预防和/或纠正对我们的“好”身体的不良副作用。 5 月 10 日发表在分子医学趋势上的一篇评论的作者说，肠道细菌。
抗生素会破坏肠道微生物与免疫系统之间的通讯，创造有利于感染的条件。
在过去 10 年中，研究人员已经确定“良好”的肠道内的共生细菌通过与免疫细胞的分子串扰来帮助稳定免疫系统免疫细胞.添加抗生素后，微生物发出的许多信号就会丢失，从而暂时破坏免疫细胞正常运作的能力。
生命早期对人体微生物群的干扰与免疫或代谢困难有关，例如哮喘和体重增加，这些问题可能会持续到成年。有证据表明，在某些关键时刻，某些共生细菌的存在对于免疫发育是必要的。 “抗生素治疗通过减少竞争性共生体的数量，增加了可用糖，在某些情况下，有利于病原体的扩张，”资深作者、纪念斯隆凯特琳癌症中心的医师科学家埃里克·帕默 (Eric Pamer) 说道。
抗生素抗性基因天然存在于从永久冻土到我们肠道细菌的任何地方的细菌群落中。抗生素的一个问题是，通过杀死没有此类基因的群体，那些存活下来的群体会繁殖并将抗生素抗性基因转移到其他细菌群体。
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