根据最新一期的《科学进展》,麻省理工学院(MIT)的研究人员发现了一种可以靶向几乎一半基因组位点的Cas9酶,从而大大扩展了基因编辑工具的应用范围。
尽管近年来基因编辑工具取得了巨大的成功,但CRISPR-Cas9基因组中可访问的位点数量仍然有限。这是因为CRISPR需要基因组靶向位点侧翼的特定序列——原型间隔邻近基序(PAM)来识别该位点。应用最广泛的Cas9酶——化脓性链球菌Cas9需要两个G核苷酸作为其PAM序列,这大大限制了靶向位点的数量(约占基因组中位点的9.9%)。
麻省理工学院分子机器研究组组长约瑟夫雅各布森教授说,CRISPR就像一个非常精确和高效的邮政系统。只要邮政编码以零结尾,你就可以准确地到达你想去的任何地方。但正是因为它的准确性和特异性,也限制了可以去的地方的数量。
为了开发更通用的CRISPR系统,研究人员使用该算法对细菌序列进行生物信息学检索,以确定是否存在对PAM限制性要求较低的类似酶。为此,他们开发了一个数据分析软件工具,并在实验室中构建了CRISPR的合成版本,以评估新发现的酶的性能。
最后发现最成功的酶是来自犬链球菌的ScCas9,与目前广泛使用的Cas9酶非常相似,但它可以靶向普通酶不能靶向的DNA序列。这种新的酶只需要一个G核苷酸,而不是两个G核苷酸作为其PAM序列,从而在基因组中开辟了更多的靶向位点,使CRISPR能够靶向许多以前超出系统范围的特定疾病突变。
例如,一个典型的基因长度约为1000个碱基。如果整个基因被简单地敲除,它可以为研究人员提供许多不同的靶向位点。但是,镰状细胞贫血等疾病是由单碱基突变引起的,这使得靶向更加困难。
雅各布森认为,碱基编辑不仅仅是找出1000个碱基在基因中的任意位置并将其敲除的问题,而是以非常精确的方式输入并纠正想要改变的基因的问题。新的CRISPR工具在这些应用中有很大的潜力,将来可能能够跟踪基因组中的每个基因座。
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