与我们用抗生素治疗的许多细菌感染一样，随着时间的推移，细菌基因组中的突变可以使结核分枝杆菌(M. tuberculosis)在治疗中存活，从而产生耐药性。这甚至可以在治疗过程中发生在单个患者身上。近年来，这个问题一直在增加，每年约有 50 万人患有耐多药 (MDR) 结核病。
这种疾病对患者的影响是可怕的;病情严重，治疗时间长，药物副作用大。耐多药结核病的治疗也非常昂贵，正确治疗所有病例的成本上升到数十亿。
作为 EMBL 感染生物学研究主题的一部分，我在 EMBL-EBI 小组中的研究人员一直致力于通过病原体基因组测序来改善治疗选择和监测。以下是我们如何做到这一点的一些示例。
与世界卫生组织合作
耐药性的增加导致治疗结核病的标准方法发生了变化。金标准是从患者身上采集样本——通常是痰液，即肺部产生的浓稠粘液——分离出结核分枝杆菌，培养数周，然后测试感染易感染的药物。这提供了一个个性化的读数，以查看哪些药物对这个特定的患者有效。这是非常强大的信息，但可能需要两三个月的时间，因为结核分枝杆菌是一种生长缓慢的细菌。近年来，许多研究表明，细菌基因组的突变可用于发现耐药性;特定突变赋予特定药物耐药性，我们正在逐步积累关键突变的信息。
与其他细菌性疾病的情况不同，世界卫生组织 (WHO) 会根据哪些药物对特定感染有效或无效，就应该使用哪种结核病治疗提供建议。然而，他们没有就确定哪些突变会影响特定药物的功效给出任何建议。我的团队是 WHO 技术工作组的成员，我们已经分析了 40,000 多个结核分枝杆菌基因组并对存在的突变进行了分类。将这些信息与广泛的其他文献相结合，包括 CRyPTIC 项目的巨大基因型和表型数据集，工作组刚刚发布了所有这些高置信度突变的知识库。
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