导读 范德比尔特大学的研究人员开发出一种新型工具，用于检测和分析人类基因组中的结构变异 (SV)，这可能会改变基因组分析和精准医疗。这项研究...
范德比尔特大学的研究人员开发出一种新型工具，用于检测和分析人类基因组中的结构变异 (SV)，这可能会改变基因组分析和精准医疗。这项研究最近发表在《自然通讯》上。
结构变异 (SV)(包括缺失、插入、易位、重复和倒位)在人类遗传多样性和疾病中起着至关重要的作用。然而，尽管长读测序技术取得了进展，但准确识别这些复杂的基因组变异仍然是一项艰巨的挑战——直到现在。
范德比尔特大学团队发明了 VolcanoSV，它与之前的方法相比脱颖而出，可以生成高质量的单倍型解析二倍体组装。该过程构建了两个独立的连续基因组序列，代表二倍体(人类)生物体从父母双方遗传下来的两组不同的染色体(单倍型)。
这种先进的流程不仅提高了 SV 检测的精确度和召回率，还显著提高了广泛数据集(包括低测序覆盖率的数据集)的基因分型准确性。在与现有的最先进工具进行严格测试后，VolcanoSV 展示了卓越的性能指标，包括更高的 F1 分数、召回率、精确度和基因型一致性。
“我们开发 VolcanoSV 的目的是解决当前 SV 检测方法的局限性，特别是在复杂且临床相关的基因组区域，”该项目首席研究员之一、范德堡大学生物医学工程与计算机科学助理教授 Xin Maizie Zhou 表示。“VolcanoSV 能够准确检测和分析结构变异，即使在具有挑战性的低覆盖率数据集中也是如此，这使其成为推进个性化医疗和人类基因组学研究的宝贵资源。”
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