导读 研究人员引入了sci-Space，这是一种空间转录组学的新方法，可以在比以前的方法大得多的尺度上保持单细胞分辨率和空间异质性。他们使用他们
研究人员引入了“sci-Space”，这是一种空间转录组学的新方法，可以在比以前的方法大得多的尺度上保持单细胞分辨率和空间异质性。他们使用他们的方法在发育 14 天时构建了小鼠胚胎整个部分的单细胞图谱。单细胞 RNA 测序方法在理解生物体和复杂组织如何发育方面取得了巨大进步。
尽管细胞的空间组织是正常发育、稳态和病理生理学的核心，但许多单细胞 RNA 测序方法丢失了有价值的上下文空间信息。那些保留细胞之间空间背景的可能仅限于一组特定的基因和/或一个小的组织区域。为了克服这些挑战，Sanjay Srivatsan 及其同事开发了 sci-Space，一种空间转录组学方法，它保留了单细胞分辨率，同时还可以在更大尺度上解析细胞的空间背景。斯里瓦赞等。的方法使用条形码寡核苷酸网格 - 合成 DNA 的短单链 - 可以从载玻片转移到覆盖的冷冻组织切片的细胞核。这组作者说，sci-Space 允许获得每张幻灯片上数千个细胞的空间起源和转录组。为了展示他们的新技术，Srivatsan等人。将 sci-Space 应用于开发小鼠胚胎。通过捕获近 120,000 个细胞的空间坐标和整个转录组，作者组装了一个全天 14 天小鼠胚胎切片的空间分辨单细胞图谱，并揭示了各种细胞类型(包括分化神经元)的空间表达基因。
标签： 单细胞
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