科学家就未来病毒分类学发展和扩展的原则达成实质性共识

在最近发表在PLOSBiology上的一篇文章中，来自世界各地的45名病毒学家、进化生物学家、生物信息学家和结构生物学家组成的团队就病毒分类方法达成了共识，并提出了病毒系统学和分类学的综合分类学框架。

与所有与生命形式分类相关的分类学领域一样，病毒分类学根据新方法和新发现经历了多次修订和更新。早期的病毒分类和命名是基于形态学、核酸类型以及病毒对使用低pH值、高温和有机溶剂灭活的敏感性等特征。基因组学和高通量和下一代测序等技术的出现导致将基因组水平分类作为病毒分类学的要求。

鉴于基于表型分类、体外培养和菌株分离的病毒多样性估计在比基于基因组数据的多样性估计低得多的规模上估计病毒物种多样性，病毒学家争论的话题是病毒的表型特性是否如宿主范围、细胞培养物中的病毒分离、致病性、形态学等应成为病毒分类学的必要标准。

国际病毒分类委员会(ICTV)于2016年召集了一个委员会，允许将仅根据基因组数据已知的病毒纳入病毒分类，从而鉴定出大量新的病毒类群。与大型生命形式分类学中的趋势类似，这突出了对统一、集成的分类学方法的需求，其中包括传统的基于形态学的分类，以及基于宏基因组学的进化分类法。

考虑到统一的分类学框架，45名病毒学家、结构和进化生物学家以及生物信息学家参加了2022年4月在英国牛津举行的会议，讨论方法论并就统一的病毒分类学框架达成共识。他们讨论了新开发的基于遗传数据的分类方法与病毒学家数十年来开发的表型分类方法的协调，其中除了形态学外，还包括流行病学和病毒宿主生态学等一系列特性。

该团队提出的建议以病毒分类学的四项原则的形式出现。第一条原则指出，病毒的分类应反映其进化历史，这意味着分类分配必须基于进化关系中的单系。基于标志基因的进化模式，这些基因通常是病毒基因组中与病毒体形成和复制相关的模块，可以将病毒分配到反映不同进化起源的独立领域。

第二个原则讨论了使用病毒特性来指导根据进化关系确定的较大分类群中的等级分配。大约有15个分类等级，包括相对两端的领域和物种，病毒在这些等级中的分配应遵循进化模式、基因组特性和表型特征的顺序。物种级分类可以使用宿主范围、流行病学或疾病关联等特征，只要这些类别也导致单系分类。

然而，根据第三条原则，虽然拟议的综合分类学方法为病毒的进化分类提供了框架，但基于流行病学或其他监管特性的替代分类方法在特定情况下是有价值的。这些方法，如巴尔的摩分类，可能不遵循进化模式，可能包括多系群，但具有临床和流行病学价值，如人类免疫缺陷病毒和虫媒病毒的情况。

最后一条原则指出，对于只有基因组数据而没有其他病毒特征的病毒，宏基因组数据将经过严格的质量控制，以确保序列的完整性和准确性。虽然ICTV没有规定新病毒的分类学分配需要多序列，虽然多序列将提供完整基因组和遗传多样性的信息，但正在制定一套指南来指导宏基因组数据提交到公开用于分类学分类的可访问数据库。

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