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DNA倾斜和拉伸是基因组突变率差异的基础

导读 体内的每个细胞都以稳定且受保护的形式将其遗传信息存储在 DNA 中,细胞可以轻松访问这些信息来进行其活动。然而,突变(遗传信息的变化)...

体内的每个细胞都以稳定且受保护的形式将其遗传信息存储在 DNA 中,细胞可以轻松访问这些信息来进行其活动。然而,突变(遗传信息的变化)发生在整个人类基因组中,并对人类健康和进化产生强大影响。

“我们的团队对关于突变的一个经典问题感兴趣——为什么基因组中的突变率从一个 DNA 位置到另一个位置差异如此之大?我们只是不清楚为什么会发生这种情况,”Md. Abul Hassan 博士说Samee,贝勒医学院综合生理学助理教授,也是该作品的通讯作者。

先前的研究表明,突变位置侧翼的 DNA 序列(序列背景)在突变率中发挥着重要作用。“但这种解释仍然留下了悬而未决的问题,”萨米说。“例如,一种类型的突变在特定的序列环境中频繁发生,而另一种类型的突变在同一序列环境中很少发生。因此,我们认为不同的机制可以解释基因组中突变率的变化。我们知道“构成 DNA 序列的每个构建块或碱基都有自己的 3D 化学形状。因此,我们提出 DNA 形状和突变率之间存在联系,这篇论文表明我们的想法是正确的。”

遗传密码被“写入”为一串碱基,这些碱基进一步缠绕或过度缠绕并限制成环,已知所有这些都会影响 DNA 活性的各个方面。令人惊讶的是,大多数基因组分析仅将 DNA 视为一串碱基,而忽略了每个碱基都有形状的事实。

“我们仅使用 DNA 结构信息建立了一个统计模型,否则忽略了序列数据,”第一作者、Samee 实验室的研究生 Zian Liu 说。“我们使用该模型来查明哪些 DNA 形状特征,例如拉伸、扭曲或倾斜,是人类基因组突变率变化的基础。令人惊讶的是,我们发现,尽管一种突变与另一种突变的序列背景可能看起来非常不同,但结构特性非常相似。”

“我们发现拉伸——形成双螺旋的两条 DNA 串中配对构件之间的距离——是定义一个位置是否可变的首要结构特性之一,”Liu 说。

Samee 说:“虽然我们期待这些结果,但我们没有预料到,对于所有类型的突变,相同的 DNA 结构特征(拉伸)对于影响突变率同样重要。”“DNA 倾斜是对所有类型的突变率影响最大的第二个结构特征。我们证实 DNA 形状在人类基因组的功能相关区域中很重要,例如调节基因表达的蛋白质-DNA 结合位点,并且这种结构机制在许多物种中都是保守的。”

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