您必须首先了解某事物如何正常工作,然后才能找出它为何损坏。
这就是克莱姆森大学理学院遗传与生物化学系攻读生物化学博士学位的研究生“Iris” Hang 的大脑研究背后的想法。
杭正在研究基因如何在正常大脑中相互作用。
“在研究疾病特征时,我们总是需要将该特征与正常情况进行比较,”她说。
最近发表在《科学报告》上的一篇题为“探索特定区域大脑基因共表达网络的生物标志物潜力”的文章描述了 Hang 的研究。
Hang 使用来自美国国立卫生研究院基因型组织表达 (GTEx) 项目的 RNA-seq 基因表达谱和名为知识独立网络构建 (KINC) 的软件,将数千个基因分类为基因组,这些基因组在正常基因的特定部分中组合在一起。人类的大脑。克莱姆森大学教授 Alex Feltus 和前研究生 Stephen Ficklin(现为华盛顿州立大学助理教授)开发了 KINC。Hang 是 Feltus 系统遗传学实验室的学生。
随后,Hang 为正常功能的大脑构建了六个微型基因共表达网络,并进行了额外的统计测试,以揭示大脑中基因和细胞通路之间的相关性。在基因共表达网络中,两个极有可能相互作用的基因将通过一条称为边缘的线连接。
在分析过程中,杭发现了在大脑所有部分起作用的基因组——但仅在大脑中——而且她还发现了在大脑的子区域中起作用的基因组。
“我们有大脑生物标志物,即在不同脑组织中成对共同表达的基因,这些基因证明它们可能在这些组织中做了一些正常的事情,而在其他组织中却没有做这些事情。它们具有一些集体功能,”费尔图斯说。研究人员现在可以测试每个基因组,看看基因对在脑肿瘤或智障人士中是否发生变化。
“现在我们知道哪些基因在大脑中正常相互作用,然后我们可以测试并看看这些相互作用是否在疾病中不存在,”他说。
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