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化学和计算的进步使得空间信号的二维蛋白质组学测量成为可能

人体组织由排列成复杂结构的不同细胞类型组成,这些细胞在单个细胞内和细胞之间发送蛋白质信号。在标准蛋白质组学测量中,这些细胞结构混合在一起,将信号网络混合在一起。

太平洋西北国家实验室 (PNNL) 的科学家使用染色的人类胰腺样本来实现胰腺胰岛(产生胰岛素的微器官)区域的可视化,并展示如何使用 microPOTS 蛋白质组技术来表征区域特异性蛋白质信号。

这种方法揭示了人类胰腺样本中的胰岛素信号蛋白位于胰岛细胞周围,而不是更远的地方。他们的研究发表在《分子与细胞蛋白质组学》上上。

目前,大多数源自基因、转录本、蛋白质或代谢物的组学测量均来自大块组织。然而,当科学家测量整个组织片段时,经常会错过生物样本中发生的微观变化。

该研究展示了如何将标准分析流程用于空间蛋白质组学测量,使研究人员能够识别整个组织中无法在大块组织水平上测量的趋势。通过应用这些计算工具应用于 microPOTS 数据,可以识别组织特定区域内发生变化的生物信号传导途径。这一发现证明这些计算方法可用于解释额外的空间蛋白质组学测量并识别新的生物学。

现有技术目前无法满足对临床上可用的方法来匹配异质组织内蛋白质活性的需求。 MicroPOTS可用于测量相对蛋白微米级样品中的丰度以及每次测量的空间位置,从而将生物学上感兴趣的蛋白质和通路与不同区域联系起来。然而,考虑到测量的像素/体素数量和数量较小,标准质谱分析流程已被证明是不够的。

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