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机器学习揭示基因转录

导读 由 UT 西南医学中心的研究人员领导的一个团队开发了深度学习模型,以确定一组简单的规则来控制启动子的活动,启动子是启动基因产生蛋白质...

由 UT 西南医学中心的研究人员领导的一个团队开发了深度学习模型,以确定一组简单的规则来控制启动子的活动,启动子是启动基因产生蛋白质过程的 DNA 区域。

他们的研究结果发表在《科学》杂志上,可以使人们更好地理解启动子如何促进基因调控。健康和疾病的

“虽然启动子对于每个基因的功能都是必不可少的,但我们对这些遗传元件如何发挥作用的理解如何运作的理解并不完整,尽管数十年的研究已经定义了它们的许多特征。我们的研究为这些序列如何在人类和其他哺乳动物中发挥作用提供了新的线索, ” UT 西南大学 Lyda Hill 生物信息学系助理教授周健博士说。

周博士与第一作者、周实验室研究生 Kseniia Dudnyk 和德克萨斯大学西南儿童医学中心研究所前研究员 Ken Xu 博士共同领导了这项研究。

细胞用来执行其活动的蛋白质的产生始于一个称为转录的过程。此时,RNA 聚合酶蛋白会附着在 DNA 链上,并将编码信息复制(或转录)到 RNA 分子中。 RNA 聚合酶附着并开始转录的区域称为启动子。

在人类中,启动子通常由数百个碱基对(构成 DNA 的单位)组成。尽管研究人员已经确定了一些 DNA 启动子区域共享的共同碱基对序列,但这些序列在人类启动子中通常不存在,使得 DNA 序列如何指导转录过程的规则尚不清楚。

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