蛋白质组学产生大量数据，分析和解释这些数据可能非常复杂。在过去的十年中，免费软件平台 MaxQuant 已被证明对于鸟枪式蛋白质组学的数据分析是无价的。现在，马克斯普朗克生物化学研究所的组长 Jürgen Cox 和他的团队展示了新的 2.0 版本。它为数据独立采集 (DIA) 蛋白质组学提供了一种改进的计算工作流程，称为 MaxDIA。MaxDIA 包括基于库和无库的 DIA 蛋白质组学，并允许高度敏感和准确的数据分析。MaxQuant 2.0 将依赖于数据和独立于数据的采集整合到一个世界中，是朝着改进个性化医疗应用迈出的一大步。
蛋白质对于我们的细胞发挥功能至关重要，但关于它们的合成、丰度、功能和缺陷的许多问题仍未得到解答。高通量技术有助于提高我们对这些分子的理解。为了通过液相色谱法和质谱法 (MS) 进行分析，蛋白质被分解成更小的肽，这一过程被称为“鸟枪蛋白质组学”。随后用质谱仪测定这些肽的质荷比，从而得到 MS 谱图。从这些光谱中，可以重建有关分析蛋白质身份的信息。然而，数据的巨大数量和复杂性使得数据分析和解释具有挑战性。
使用质谱法分析蛋白质的两种方法
霰弹枪蛋白质组学中使用两种主要方法：数据依赖采集 (DDA) 和数据独立采集 (DIA)。在 DDA 中，预先选择样品中丰度最高的肽段进行碎裂和测量。这允许重建这几个预选肽的序列，使分析更简单、更快。然而，这种方法会导致对高丰度肽的偏向。相比之下，DIA 更加稳健和灵敏。来自某个质量范围的所有肽段都被一次分割和测量，无需按丰度进行预选。
结果，这种方法产生了大量的数据，并且获得的信息的复杂性大大增加。到目前为止，只有通过将新测量的光谱与包含先前测量的光谱的库中的光谱进行匹配才能识别原始蛋白质。
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