本目下分5科：念珠藻科(Nostocaceae)、微毛藻科(Microchaetaceae)、胶须藻科(Rivulariaceae)、伪枝藻科(Scytonemataceae)和颤藻科 (Oscillatoriaceae)。亦有将颤藻科另列为颤藻目 (Oscillatoriales)的，因为它缺异形胞和厚壁孢子，体制上与其他几科有明显差异。
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