自 2017 年以来，阿拉巴马大学伯明翰分校的研究人员 Casey Morrow 博士和 Hyunmin Koo 博士使用强大的基因组工具和超级计算机来分析大量遗传数据，以识别肠道单一物种内的个体菌株微生物组。
这种微生物组“指纹”方法有助于显示人类婴儿或小鼠幼崽微生物组微生物的母体来源，并显示在同居数十年后分居的成年人类双胞胎中 肠道微生物菌株的极端持久性。
现在，Koo 和 Morrow 将他们的微生物菌株稳定性研究转向了人类婴儿和儿童，从出生后不久(约 6 个月)到 6 岁。总的来说，他们发现随着婴儿肠道微生物组的发育，微生物菌株特异性存在个体化模式。
婴儿肠道微生物生态系统始于微生物组成的短期变化，最终形成稳定的微生物组成，这是当前研究的重点。这些稳定的微生物与宿主的相互作用对于有效消化食物、健康的免疫发育和抵抗病原体定植至关重要。
莫罗说：“一般来说，早期肠道微生物群落以能够以母乳或配方奶中存在的碳水化合物为食的微生物占主导地位，例如青春双歧杆菌。”“随着婴儿的成长，向固体食物的过渡和身体的生长会导致肠道空间结构的变化，从而导致物理和化学环境的变化，为微生物菌株的生长提供新的生态位机会。这个生态系统转变与肠道微生物群落结构中 拟杆菌门(例如普通拟杆菌)的出现相关。”
UAB 研究人员将他们的微生物指纹技术应用于两个宏基因组 DNA 测序数据集，这些数据集来自其他人之前发表的研究，这些数据集是按时间序列收集的婴儿和幼儿粪便样本。第一组 31 名婴儿在出生后不久、1 岁、2 岁和 3 岁时采集了样本。其中 14 名儿童接受了多种抗生素治疗，这可能会破坏肠道微生物组;其余的没有抗生素。第二个数据集包括 9 名婴儿，样本年龄从 6 个月到 6 岁;九人中的四人服用了多种抗生素。
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