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耐旱植物基因组数据库发布

导读 干燥对于植物营养组织来说通常是致命的,但少数陆地植物已经进化出了营养干燥耐受性(VDT),使它们能够通过称为脱水生物的过程干燥而不会死...

干燥对于植物营养组织来说通常是致命的,但少数陆地植物已经进化出了营养干燥耐受性(VDT),使它们能够通过称为脱水生物的过程干燥而不会死亡。

VDT植物可以使其细胞的水势与空气的水势保持平衡,并且可以承受-100MPa及更低的组织水势。在过去的十年里,测序技术的进步使得耐干燥植物的基因组研究成为可能。然而,这些植物中有价值的基因和基因组资源需要进一步研究。

近日,中国科学院生态与地理研究所张道元课题组建立了耐旱植物“干不死”基因组数据库。该研究发表在《植物生理学》上。

该基因组数据库包含总共26个VDT相关植物基因组(包括10个苔藓)的基因组和转录组资源。数据库中纳入了常用的生物信息分析工具,如BLAST、同源和功能搜索、GO/KEGG富集统计、表达谱和共表达模块提取、基因组JBrowser等,方便今后对VDT植物遗传信息的分析和探索。

通过进行定制的PFAM家族统计分析,研究人员发现干旱响应ABA转运蛋白AWPM-19家族在所有苔藓植物中都显着串联重复,但在气管植物中很少如此。

类黄酮生物合成基因的存在和缺失变异分析提供了一个示例足迹,说明了被子植物和非种子植物之间基因组进化和代谢特征的差异。转录组谱与功能分析相结合也支持苔藓植物和被子植物之间VDT的不同进化。

这项研究的结果提供了基因组和转录组证据,支持植物中VDT可能存在的分歧和谱系特异性进化。

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