堆肥 - 添加到土壤中以帮助植物生长的有机材料 - 被园丁广泛使用，因为它可以改善土壤健康并减少垃圾填埋场中有机废物的数量。尽管有几项研究着眼于商业堆肥，但很少有人调查后院堆肥样品。在一项新研究中，研究人员测量了两种堆肥中病原体的数量。
“后院堆肥和商业堆肥的主要区别在于成分。后院堆肥由植物性材料制成，如蔬菜残渣和咖啡渣，因为在线教程推荐它们。此外，动物源材料更难堆肥。另一方面，许多商业堆肥都是用农家肥制成的，”阮实验室的研究生毛玉清说。
无论来源如何，堆肥过程通常(但并非总是)可以去除病原体，因为它涉及多个高温阶段。“可能有一些病原体能够存活下来，要么是因为它们耐热，要么是在后期引入，”毛说。
研究人员从 Urbana-Champaign 的两名园丁那里收集了后院堆肥样本，并使用了从超市购买的六种商业堆肥。他们还使用了两个对照样品：从未用堆肥处理过的土壤和未经过高温处理的未成熟堆肥。他们提取了 DNA 样本并使用 qPCR 来识别和测量特定基因的丰度。
“我们研究了空气传播和食源性病原体。人们通常更关心后者，因为他们使用堆肥种植蔬菜，”毛说。研究人员研究了食源性病原体大肠杆菌和沙门氏菌，以及空气传播病原体分枝杆菌、嗜肺军团菌和铜绿假单胞菌。由于细菌具有很长的 DNA 序列，因此该研究侧重于遗传标记——每个生物体独有的基因。
“我们在我们的样品中没有发现任何沙门氏菌，大肠杆菌只存在于未成熟的堆肥样品中，这意味着如果堆肥制作得当，它们不太可能被食源性病原体污染，”毛说。“另一方面，我们发现嗜肺军团菌存在于四个商业样本中，但没有出现在其他样本中。在后院和商业堆肥样本中都发现了另外两种空气传播的病原体。”
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