环境中抗生素抗性细菌的增加可能有不同的原因。这可能是环境中抗生素残留的位点选择的结果，从而促进了新形式耐药性的进化。或者，这仅仅是因为粪便细菌的污染，粪便细菌通常比其他细菌更具耐药性。知道哪个解释是正确的是风险管理的基础。
发表在《自然通讯》上的一项研究表明，“crAssphage”是一种对人类粪便中的细菌具有特异性的病毒，它与环境样本中抗生素抗性基因的丰度高度相关。这表明粪便污染可以很大程度上解释人类感染环境中常见耐药菌的增加。然而，有一个明显的例外，那就是在没有噬菌体的情况下，耐药基因也很常见——这些环境在制造过程中被高水平的抗生素污染。
哥德堡大学萨尔格伦斯卡学院环境药理学教授、合著者Joakim Larsson说：“这些发现非常重要，因为它们可以为环境中抗生素耐药细菌相关的人类健康风险管理提供信息。残留显然是一些生产基地附近抗性异常高的原因，粪便污染可能是大多数其他地方的解释。
“人们可能会想，这是否意味着我们不需要关心世界各地污水处理厂释放的低水平抗生素。”Larsson评论说：“这项研究表明，在解释环境中抗生素耐药性的结果时，考虑粪便污染水平的重要性。这表明人们通常不需要通过现场选择残留抗生素来解释这些发现。然而，不排除环境中抗生素选择水平仍然较低。其他研究结果仍然表明，低环境水平的一些抗生素可以选择耐药。这需要进一步的研究，”拉尔森说。
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